כאשר מולקולה בולעתאורכי גל מסוימים של האור, ומעבירה או מחזירה אורכי גל אחרים בתחום האור הנראה[1], יש לה צבע. כרומופור הוא אזור במולקולה בו הפרש האנרגיה בין שני אורביטלים מולקולריים מתאים לטווח האנרגיה של הספקטרום הנראה. כרומופור יכול לבלוע פוטונים של אור נראה שפוגעים בו, דבר שיגרום לעירור של אלקטרון ממצב היסוד למצב מעורר.
במולקולות ביולוגיות המשמשות לקליטת או גילוי אנרגיית אור, הכרומופור הוא קבוצה פונקציונלית שגורמת לשינוי קונפורמציה במולקולה, בתגובה לבליעת אור.
^גם למולקולות המחזירות אור שאינו בתחום הנראה יש צבע, אך הוא אינו חשוף לבני האדם ללא מכשור מיוחד, כמו מצלמות אינפרא-אדום או מצלמות UV. חרקים, כמו הדבורה, יכולים לראות צבעים אלו (למשל בפרחים) ללא עזרים.
