בשנת 1938 שב ליפו עם רעייתו דניס (בתו של שופט מחוזי בדרום צרפת) והדפיס בה את ספרו "הבעיה הפלסטינית" (القضية الفلسطينية). באותה שנה מונה למנהל הווקף במחוז לוד, לאחר מכן קודם לתפקיד מנהל הווקף ובתי הספר האסלאמיים בכל רחבי ארץ ישראל ומונה לחבר הוועדה המפקחת על החינוך הערבי. בתפקידיו אלה נדד ונאם ברחבי הארץ על הצורך באחדות ערבית. בשנת 1942 יצא לאור ספרו, שהתבסס על נאומיו, "לקראת אחדות ערבית" (نحو الوحدة العربية). בין 1943 ל-1945 כיהן כרשםבית משפט השלום בשכם.
בשנת 1945 נענה להצעת רשויות המנדט להתמנות כראש העיר של יפו, לאחר שעומר אל-ביטאר התפטר ממשרתו. במהלך היותו ראש העיר בא במגע עם ראש עיריית תל אביב, ישראל רוקח במטרה ליצור שיתוף פעולה בין שתי הערים השכנות. בשנת 1947 יזם בחירות חופשיות לראשות העיר ונבחר ברוב גדול. עם ההסלמה במעשי האלימות לאחר אירועי כ"ט בנובמבר1947 (מקרי רצח יהודים ברחובות תל אביב וירי צלפים מראש צריח מסגד חסן בק לכיוון רחוב אלנבי), פרסם הייכל כרוז להרגעת הרוחות. כמו כן ניסה לפעול בוועד הערבי העליון, שהיה מראשיו באותה עת, ואצל עבדאללה, מלך ירדן על מנת לקבל את תמיכתם לכינון הסכם שלום, אך ללא הועיל[1]. למחרת מבצע חמץ לכיבוש יפו, ה-5 במאי1948, נמלט הייכל מן העיר לירדן.
בירדן הצטרף הייכל לשירות החוץ. הוא כיהן בוועדת שביתת הנשק ירדן–ישראל וייסד את "המשרד הפלסטיני" לטיפול בענייני בעיית הפליטים הפלסטינים. במשך 16 שנה כיהן כשגריר ירדן בוושינגטון (1959-1962), בפריז, בלונדון, בטייפה ובמוסדות האו"ם. לאחר יציאתו לגמלאות התיישב בלבנון ושקד על כתיבת זיכרונותיו.
בשנת 1969 פרסם את ספרו "תבוסת יוני" (هزيمة حزيران) על תבוסת הערבים במלחמת ששת הימים. בשנת 1971 יצא לאור ספרו "פלסטין: לפני ואחרי" (فلسطين: قبل وبعد), המרכז מבחר ממאמריו לאורך השנים.
״ד״ר יוסף הייכל - ראש העירייה 1948-1945״, מאמר מאת שמואל גילר, בספר: ורד נבון, השדרה - שדרות ירושלים בעיני הצלמים, הוצאת ורד נבון, מהדורה שנייה, אוגוסט 2021, עמ׳ 199-198.
