החל מאמצע שנות ה-30 החלה בולגריה להתקרב לגרמניה הנאצית מתוך מטרה לזכות בתמיכתה להשבת השטחים שנגרעו ממנה במסגרת חוזה ניי. ממלכת בולגריה אולצה לוותר על המוצא לים האגאי ועל שטח שעבר לידי יוון. היוונים ביצרו את הגבול עם בולגריה. הקו המבוצר כונה "קו מטאקסס".
בסוף שנת 1939 כבשו כוחות איטלקיים את אלבניה, שהייתה זה זמן רב מעין מדינת חסות איטלקית. בכך יצרו גבול קרקעי רציף עם יוון. פעולה זו הובילה את בריטניה וצרפת להעניק ערבות לשלמותה הטריטוריאלית של יוון. התפתחות זו עוררה את הצבא היווני לנקוט בפעולות לקידום פניה של פלישה איטלקית.
כאשר פרצה מלחמת העולם השנייה במזרח אירופה, ולאחר מכן במערב אירופה, מטקסס ניסה לשמור את יוון מחוץ לסכסוך. אך ככל שהתקדמו האירועים, ועל אף נטייתו האידאולוגית של מטקסס לצדן של מדינות הציר, ועל אף הקשרים הכלכליים והדיפלומטיים הטובים שקשר עם גרמניה, התקרבה יוון לבריטניה, לא מעט בזכות המלך גאורגיוס האנגלופיל, שהיווה עמוד תווך בתמיכה במשטרו של מטקסס.
ממשלת מטאקסס ניסתה לשמור על נייטרליות קפדנית, אבל לבסוף החלה מלחמת איטליה–יוון. בערב 28 באוקטובר1940 הוגש אולטימטום למטאקסס עם דרישת מעבר חופשי לחיילי איטליה על מנת לכבוש "נקודות אסטרטגיות" שלא הוגדרו, בעומק השטח היווני. מטקסס דחה את האולטימטום, באמרו "Alors, c'est la guerre" - "אם כן, זוהי מלחמה", אמירה שהפכה לסיסמה פופולרית ביוון, וצומצמה למילה אחת "לא" - ביוונית "Οχι" (אוחי). בתוך שלוש שעות תקף צבא איטליה את יוון. למרות הצלחה איטלקית ראשונית הצליחו הכוחות היווניים לעצור את הפלישה האיטלקית ולהדוף את החיילים האיטלקים חזרה לאלבניה, בהמשך אף התקדמו הכוחות היווניים עוד יותר וכבשו חלק ניכר משטחה של אלבניה. במצב עניינים זה מטקסס נפטר באופן פתאומי בינואר 1941.
גרמניה שלחה צבא לתמוך באיטליה בת בריתה, צבא גרמניה תקף את יוון דרך יוגוסלביה (באמצעות הפלישה ליוגוסלביה) ובולגריה ב-3 באפריל 1941. לאחר מכן, הוקמה באתונהממשלת בובות של גרמניה במסגרת המדינה ההלנית, שלא זכתה לתמיכה של העם היווני. בחסות בריטניה הוקמה ממשלה יוונית גולה, אך היא נעדרה השפעה על המצב ביוון עצמה. המלך גלה ונותר ראש המדינה היווני המוכר על ידי הקהילה הבינלאומית. ביוון שררו אינפלציה דוהרת, מחסור חריף במזון ורעב בקרב האוכלוסייה.
שלטון זר ושחרור
חלוקת יוון 1941 - 1944
לאחר הקרב על כרתים, היה כל שטחה של יוון כבוש בידי מדינות הציר. במהלך שלוש וחצי השנים שלאחר מכן, חולק שטחה של יוון בין בולגריה, איטליה הפאשיסטית וגרמניה הנאצית. לעמה של יוון הדבר בישר סבל ומכאוב. יהודי יוון נשלחו להשמדה. באזורי הממשל האיטלקי שרר רעב, שכן ממשלו הכושל של מוסוליני לא יכול היה לספק מזון לאוכלוסייה, ומאות אלפים נספו. תנועת המחתרת שקמה בשטחי הכיבוש דוכאה באכזריות. מלחמת גרילה נרחבת נפתחה באזורי הכיבוש, ועד לשחרור בספטמבר 1944 השיגה התנועה הצלחות, ושלטה באזורים נרחבים משטחה של יוון, במיוחד בהרים. חיילים יוונים וספינות הצי היווני שהצליחו להימלט מהכיבוש הנאצי נלחמו לצד הבריטים בצפון אפריקה.
כך גם לאחר כיבוש יוגוסלביה ויוון לא שקטה חזית הבלקן. פעילות פרטיזנית ענפה ריתקה לאזור הבלקן מאות אלפי חיילים גרמנים, שלחמו עד לסוף המלחמה כנגד כוחות הפרטיזנים, שלקראת סוף המלחמה מנו כ-800,000 חיילים המאורגנים בארבע ארמיות. נפילתו של מוסוליני ב-1943 הביאה להשתלטות הגרמנים על חלקי יוון היבשתית שהוחזקו על ידי איטליה, השתלטות שלוותה לעיתים בהתנגדות איטלקית, ולרוב במעשי זוועה ופשעי מלחמה של הגרמנים כנגד האיטלקים לצדם לחמו בעבר, ולהתפרצות של לוחמה באיי הדודקאנס, שלוותה בתבוסת בעלות הברית במערכת הדודקאנס, שיש הרואים בה את הניצחון הגרמני האחרון במלחמה. הגרמנים הנאצים פעלו להשמיד את יהדות יוון באזורים שנוספו.
נאבקו בשלטון הזר קבוצות התנגדות פוליטיות שונות, שנעו בין פרו-מלוכני לאידאולוגיות קומוניסטיות, שנהלו מלחמת גרילה בגרמנים ובבולגרים במזרח מקדוניה ותראקיה, שם כוחות בולגריים כבשו שטח יווני. לעיתים היו התנגשויות אלימות בין הקבוצות. כאשר שחרורה של יוון נראה באופק, רעיון שיבת המלך לאדמת יוון גרם לוויכוחים פנימיים הן ביוון עצמה, והן בקהילה היוונית הגולה. על אף שהמלך גינה בפומבי את משטרו של מטאקסס בשידורי רדיו ששודרו ליוון, עדיין זכרו לו רבים את תמיכתו במשטר הרודני.
ב-24 בספטמבר1944 נחת צבא בריטי ביוון ושחרר אותה בתוך שישה שבועות. השחרור בפועל של יוון על ידי בעלות הברית לא היה מבצע צבאי במובן הקלאסי. לא נערכו קרבות גדולים לשליטה על שטח אסטרטגי ובמקרים מסוימים הכוחות הבריטים רק חיכו שהגרמנים יפנו את האזור. כוחות הברית נחתו ביוון ב-3 באוקטובר 1944, ועד אז חלקים ניכרים מהמדינה שוחררו על ידי כוחות ההתנגדות היוונים. אתונה, האזור היחיד שעדיין היה תחת כיבוש גרמני, פונה על ידי הגרמנים ב-12 באוקטובר; למחרת, ב-13 באוקטובר חיילים בריטיים נכנסו לאתונה. בסוף אוקטובר שוחררה סלוניקי וב-10 בנובמבר נסוג הכוח הגרמני האחרון מצפון יוון. חיל המצב הגרמני המשיך להחזיק מעמד באיים האגאים עד לאחר סיום המלחמה. שלטון גרמני נשאר באיי הדודקאנס. הם הועברו לשליטת יוון בפברואר 1947. בשנים לאחר השחרור הדרדרה המדינה למלחמת האזרחים היוונית.
