חגי עמיר הורשע בקשירת קשר לרצח ראש הממשלה יצחק רבין; בקשירת קשר לפגוע בתושבים ערבים ובאנשי המשטרה הפלסטינית ביהודה ובשומרון; בייצור נשק ובהחזקת נשק שלא כחוק. הוא זוכּה מעבירה של קשירת קשר לפגוע במחבלים שישוחררו לפי הסכמי אוסלו[1][2]. בית המשפט המחוזי בתל אביב גזר עליו עונש של 12 שנות מאסר, ובבית המשפט העליון הוחמר העונש ל־16 שנות מאסר. אף על פי שחגי ידע על כוונת אחיו, יגאל עמיר חשש כי שירות הביטחון הכללי עוקב אחריו ומידר את חגי מפרטים על זמן יציאתו ועל דרך הגעתו לעצרת השלום שבה ירה ברבין. בתחתית המחסנית של אקדחו סידר יגאל כדורים שבהם עשה חגי שינויים. הוא טען לסירוגין קליעים רגילים (שלהם ייחס חגי יכולת חדירה טובה יחסית) וכדורים מיוחדים מסוג הולופוינט (שלדעת חגי קטלניים יותר), שמא ילבש רבין שכפ"ץ. יגאל לא השתמש בכדורי ההולופוינט. חגי סבר שיגאל לא יצליח בתוכנית ההתנקשות שלו במתכונת שבה בוצעה, וחשב שהיה צריך לבצעה בשיטות אחרות, כמו שימוש ברובה צלפים למשל[3].
במהלך מאסרו הגיש עמיר מספר רב של עתירות אסיר. הבקשה שהגיש לשירות בתי הסוהר לנכות שליש מתקופת מאסרו על התנהגות טובה נדחתה על הסף בוועדת השחרורים בשנת 2008. את רוב שנותיו במאסר בילה בהפרדה[4].
בנובמבר 2004, בעקבות ויכוח עם השב"ס על שיחת טלפון, אמר עמיר לסוהריו: "מה אתם מפחדים שאני אחסל וארצח את שרון... אם אני רוצה אני מסוגל להרים שיחה אחת ולדאוג שיחסלו ויפוצצו את שרון"[5][6]. בעקבות דברים אלו הוא הורשע באיומים ונידון לשנת מאסר נוספת, שמחצית ממנה הוספה לעונשו בפועל[7].
ב־4 במאי 2012 שוחרר מהכלא[8]. לאחר שחרורו החל להיות פעיל בפייסבוק[9], ושם הוא מפיץ את דעותיו ואף נפתחה לו קבוצת מעריצים. עמיר, בדומה לאחיו, מצדיק גם היום את מעשה ההתנקשות שביצע יגאל. את המעשה הוא מכנה "מצווה" ולשיטתו זאת הייתה הדרך היחידה "לנטרל" את רבין. למרות זאת, חגי עמיר מביע דעות התומכות בזכויות אדם, ביקר את האווירה הציבורית במהלך מבצע צוק איתן ותומך בפתרון של מדינה דו־לאומית[10], משום שלדעתו לא ניתן לתקן את הנזק שנגרם בעקבות הסכמי אוסלו. לדבריו "למדינה יהודית יש חשיבות, למדינת היהודים אין הצדקה קיומית". דף הפייסבוק של עמיר נחסם לעיתים קרובות עקב הדברים שהוא כותב בו, המתוייגים על ידי פייסבוק כהסתה. עמיר עצמו הגיב לאחת החסימות בהקמת דף חדש על שם "עמנואל גולדשטיין", כשמו של דמות האויב הנצחי שכולם מצווים לשנוא ולגדף מהספר 1984, באמרו שהיחס אליו הוא בדיוק כמו אל גולדשטיין.
ב־27 באוקטובר2015, בעקבות דבריו של נשיא המדינהראובן ריבלין באירוע לזכרו של יצחק רבין לציון 20 שנה להירצחו, שבו הצהיר שכל עוד הוא הנשיא לא יֵצא יגאל עמיר לחופשי, כתב חגי עמיר בפייסבוק: "ריבלין הוא פוליטיקאי חנפן. לא הוא קובע אם אחי ישתחרר או לא, רק הקב"ה קובע כפי שהוא קבע שרבין יתפגר אף על פי שריבלין וחבריו לא ממש הסכימו. הוא קבע שריבלין יהיה נשיא, ויגיע הזמן שהוא יקבע שריבלין יחד עם המדינה הציונית צריכים לחלוף מהעולם כפי שסדום חלפה בשל הפשעים שהם ביצעו במסגרת החוק נגד בני עמם. והיום הזה כבר לא רחוק". באותו יום נעצר עמיר בחשד להסתה, והוחלט להביאו לפני שופט[11].
חיים אישיים
עמיר מתגורר עם הוריו בביתם שבהרצליה ועובד כרתך וכמסגר במסגרייה שפתח[3].
