החברה רשומה כמוסד ציבורי ופועלת כמוסד ללא כוונת רווח. היא מנוהלת על ידי ועד מנהל ומועצה בהם מיוצגים כל המכונים לארכאולוגיה של האוניברסיטאות, רשות העתיקות ומוזיאונים לעתיקות במדינת ישראל.
החברה משמשת כארגון-גג למוסדות הארכאולוגיים הישראליים ומהווה גורם מרכזי התומך והיוזם של המחקר הארכאולוגי בישראל[3]. החברה עוסקת בארגון ובניהול כספי של החפירות ומרכזת בשיתוף עם מוסדות אחרים את עיבוד הממצאים והבאתם לידי פרסום סופי בדו"חות מדעיים.
החברה מוציאה לאור, בשיתוף עם רשות העתיקות, את "קדמוניות" – כתב עת לעתיקות ארץ-ישראל וארצות המקרא בעריכת אפרים שטרן, וכן באנגלית את כתב העת Israel Exploration Journal, ארץ-ישראל – מחקרים בידיעת הארץ ועתיקותיה, מחקרים בגאוגרפיה של ארץ-ישראל, וכן רואים אור אצלה דו"חות סופיים של החפירות השונות ועשרות ספרים בארכאולוגיה, חלקם בשיתוף עם מוסדות אחרים. בעבר הוציאה החברה את כתב העת ידיעות החברה לחקירת ארץ ישראל ועתיקותיה, בין השנים 1933–1967.
החברה עוסקת בהפצת ידיעת הארץ ותוצאות החפירות הארכאולוגיות בקרב הציבור הרחב. חברי החברה מקבלים את כתב העת "קדמוניות" ומשתתפים בכנסים השנתיים לידיעת הארץ. מאז 1944 נערכו עשרות כנסים לידיעת הארץ. במסגרת הכינוסים מסיירים מאות משתתפיהם באתרים ארכאולוגיים בהדרכת ארכאולוגים וחופרי האתרים. מספר סיורים נערכו גם לארצות השכנות במטרה להכיר את התרבויות שנתקיימו בהן בעבר והקשרים עם תרבותה הקדומה של ארץ-ישראל.
החברה ארגנה בשיתוף עם מוסדות ארכאולוגיים נוספים, כנסים בינלאומיים, בהם שני כנסים לארכאולוגיה מקראית שנערכו בשנים 1984 ו-1990 לציון מלאת 70 ו-75 שנים ליסודה. בכנסים נטלו חלק מאות ארכאולוגים וסטודנטים, וההרצאות נתפרסמו בקבצים מיוחדים. הכנס הבינלאומי האחרון נערך בשנת 1997 לציון 50 שנה לגילוי המגילות הגנוזות וההרצאות שהושמעו בו נתפרסמו בקובץ מיוחד.
בשנת תשמ"ט הוענק לחברה לחקירת ארץ-ישראל ועתיקותיה פרס ישראל על פעילותה הענפה בחקר ארץ-ישראל ועתיקותיה, הנחלתו לציבור הרחב ותרומתה המיוחדת לחברה ולמדינה. את הפרס קיבל בשם החברה יוסף אבירם, ששימש כמזכיר משנת 1940, ועמד בראשה משנת 1983.