כשהיה בן עשר נפטר אביו מאיר יעקבי. בצעירותו עבר עם בני ביתו להתגורר בברלין, שם כדי לפרנס את המשפחה, הקימה אמו שרה-מרים (לבית גולדברג) מלון ברחוב יודנשטרסה (Juedenstrasse) שבברלין, שאירח מבקרים יהודים. בני משפחת יעקבי וגולדברג היו מאנשי הקהל האורתודוקסי מודרני בברלין. הרב יעקבי קיבל חינוך תורני בחינוך ביתי ומאוחר יותר היה תלמידו של הרב אלחנן רוזנשטיין. לאחר מכן למד הרב יעקבי פילוסופיה ותאולוגיה באוניברסיטאות ברלין והאלה (Halle). ב-1865 הגיש את עבודת הדוקטורט שלו באוניברסיטת האלה שכותרתה: "De loco feminarum apud Iudaeos antiuissimos maxime matrimonii contrahendi ratione habita" – על מעמד האישה ביהדות, תוך התייחסות מיוחדת לנישואין, כפי שהם מתוארים במקרא.
ב-1885 נשא לראשונה בשפה הקרואטית את הדרשה בבית הכנסת הגדול בזאגרב (לפני כן נישאו דרשות בגרמנית) וכן חיבר ספרי לימוד בנושאי יהדות בקרואטית. בערוב ימיו עודד את הפעילות הציונית ונתן לה חסות.[1][4][2][5][3]