לאורך חייו המקצועיים השתתף צפור ואף הוביל את תכנונם של כמה ממבני המוסדות החשובים, הידועים והמרכזיים בישראל ובראשם פרויקט גבעת התחמושת. פרויקטים אלו, אשר זכו לפרשנותו הארכיטקטונית הייחודית, מתאפיינים בחלוקה למסות באמצעות צורות בסיסיות, ותכנון נבון של מערך התנועה, תכנון החללים והתייחסות לאקלים המקומי באמצעות איתור פתרונות המשתלבים בתכנון הכולל של היצירה הארכיטקטונית.
רבים מהמבנים אותם תכנן בשנות ה-60, עת היה שותף עם האדריכל זוכה פרס ישראלבנימין אידלסון, הפכו כבר עם חנוכתם לאיקונות ארכיטקטוניות שזכו לפרסום רב הן בישראל והן בעולם.
לאחר תקופת עבודה במשרד שא"ג בחיפה (1955-1959), הצטרף כשכיר למשרד האדריכלים של אריה שרון ובנימין אידלסון (1959-1964). עם פירוק שותפות זו הפך לשותפו של אידלסון. תחילה היה שותף גם האדריכל יעקב הרץ, אך לאחר תקופה קצרה פרש הרץ וצפור ואידלסון פעלו במשותף עד לפטירתו של אידלסון בשנת 1972. החל מאותה שנה פעל צפור כעצמאי עד שבשנת 1990 הצטרף למשרדו בנו האדריכל ברק צפור שכיום מוביל את המשרד. בנו השני, אסף צפור, הוא תסריטאי מצליח.
בשנת 1988 זכה צפור בפרס רכטר לאדריכלות[2][3] על תכנון המרכז לבריאות הנפש באר שבע שבתכנונו הוחל עוד בעת השותפות עם אידלסון. בשנת 2005 זכה בתואר יקיר תל אביב. חודשים ספורים לאחר פטירת אשתו, הציירת רות צפור (לבית לויקסון-לביא), נפטר ב-11 בדצמבר 2012. חלקים נרחבים מארכיונו האישי נמסרו על ידי משפחתו לארכיון אדריכלות ישראל, וזמינים דיגיטלית בספרייה הלאומית[4]. ב-2014 יצא הספר "גרשון צפור - אדריכל ומתכנן ערים" המסכם את יצירתו לאורך חמישה עשורים.
