פקר, בנו של שחקן העבר אריה פקר (מכבי נתניה, בית"ר נתניה), גדל במחלקת הנוער של מכבי נתניה ועלה לקבוצה הבוגרת בשנת 1987. פקר היה מגן שמאלי שפורץ עם הרבה מהירות וכח ומסייע המון להתקפת קבוצתו. ערך הופעה ראשונה בבוגרים (בעקבות פציעתו של אלעד קורן) במשחק חוץ מול בית"ר ירושלים[1]. פקר תפס מקום של קבע בהרכב הפותח ושיחק במכבי נתניה ברציפות עד שנת 1994.
בעונת 1994–1995 עזב פקר לראשונה את מכבי נתניה והצטרף למכבי פתח תקווה, במדיה רשם 21 הופעות בליגה וכבש שלושה שערים. כעבור שנה חזר למכבי נתניה.
בעונת 1996–1997 הצטרף למכבי עירוני אשדוד ששיחקה בליגה הארצית ובמחזור האחרון של העונה חגג איתה את חזרתה לליגה הבכירה. בעונת 1997–1998 הצטרף לצפרירים חולון וגם איתה חגג את חזרתה לליגה הבכירה.
בעונת 1998–1999 חזר למכבי נתניה ובסוף העונה חגג איתה את חזרתה לליגה בכירה.
