כיום מתקיימות מעת לעת כניסות של קבוצות מתפללים יהודים, בליווי כוחות צה"ל, כולל כניסת אברכים ללימודי תורה, ותפילות בבית הכנסת.
הפסיפס
רצפת הפסיפס כוללת צורות גאומטריות בצורה של לבבות הפוכים ושל תשליב של מרובעים ועיגולים בתחתיה. במרכז הפסיפס עיגול ובו מנורת שבעת הקנים, כשמימינה שופר, משמאלה לולב ומתחתיה הכתובת בעברית "שלום על ישראל".
ליד הכניסה נמצאה כתובת הודיה בארמית לבני הקהילה שעזרו ומימנו את הפסיפס: "דכירן ל֗טב יהוי דכרנהון לטב כל קהלה ק[די]שה רבייה וזעוריה דסייע יתהון מלכיה דעלמה ואתחזקון ועבדון פסיפסה דידע שמהתון ודבניהון ודאנשי בתיהון יכתוב יתהון בספר חייה֗ [עם כל] צדיקיה של[ום]". תרגום הכתובת לעברית: "יהיו זכורים לטוב וזכרונם לטוב כל הקהילה הקדושה, זקניה וצעיריה שעזר להם מלך העולם והתחזקו ועשו הפסיפס. (הוא) היודע שמותיהם ושל בניהם ואנשי ביתם. יכתוב אותם בספר החיים עם הצדיקים. (הם) חברים לכל ישראל. שלום."[1]
ייחוד בית כנסת בכך שאין בו שום צורה של אדם או חיה. לעומת זאת, בית כנסת עתיק הנמצא לא הרחק ממנו, בנערן, כולל צורות של חיות ותמונה של דניאל. במוזיאון השומרוני הטוב ובבית הכנסת ביישוב כוכב השחר יש העתק של פסיפס בית הכנסת ביריחו.
היסטוריה
הישיבה הצמודה
לאחר הניצחון במלחמת ששת הימים, החלו ישראלים לבקר ב"שלום על ישראל" ביריחו ובמקומות קדושים אחרים ביהודה ושומרון. ערבי מקומי בנה בית על האתר ודרש דמי כניסה למבקרים. בשנת 1986רשות הגנים הלאומיים רכשה את הבניין ובאותה שנה נוסד מניין קבוע במקום. בשנות ה-90 המוקדמות התחילו להתקיים קבוצות לימוד ושיעורים ובמהרה התפתחה ישיבה בבית הכנסת העתיק.
גם לאחר הסכמי אוסלו, היחס של הפלסטינים לבית הכנסת "שלום על ישראל" היה תקין, בניגוד לעוינות שהתנהלה סביב לקבר יוסף בשכם. אולם, מצב זה הסתיים בראש השנהתשס"א. בליל ה־12 באוקטובר2000, פורעים ערבים נכנסו לבניין הישיבה והשחיתו סידורים, ריהוט, ושרפו את הקומה השנייה. הרשות הפלסטינית שיפצה חלק מהנזקים. ספר התורה של בית הכנסת ניצל בזכות שמירתו בתוך כספת במחסן הנמצא ליד הפסיפס. הצבא סירב להיכנס ליריחו כדי להציל את הספר, ואנשי הישיבה נאלצו להעביר למפקד בקשר את הוראות פתיחת הכספת. הוראות אלו הועברו לפלסטינים, אשר פתחו את הכספת והחזירו את ספר-התורה. כיום הספר נמצא במאחז בית חגלה הסמוך ליריחו.
באלול שנת תשפ"ב (אוגוסט 2022) הוחלט להקים מחדש את הישיבה שפעלה במקום. כיום הישיבה ממוקמת בבית חגלה, ואחראית על הכניסות היהודיות ליריחו[2].