A tempada 1998–99 da Segunda División de España foi a 68ª edición deste torneo. Comezou o 29 de agosto de 1998 e rematou o 21 de xuño de 1999.
X = Partidos xogados; G = Partidos gañados; E = Partidos empatados; P = Partidos perdidos; GF = Goles a favor ; GC = Goles en contra; DG = Diferenza de goles; Pts = Puntos
1 O Atlético de Madrid B non puido ascender por ser o equipo filial do Atlético de Madrid.