Despois traballou para alcanzar a paz cos británicos, representando aos Bóers nas negociacións de paz en 1902. O seu cartapacio de guerra tornouno nun prominente home na política de Transvaal e foi un actor principal na reconstrución de posguerra da súa terra, chegando a Primeiro Ministro de Transvaal o 4 de marzo de 1907. En 1911, xunto con outro heroe guerreiro Bóer, Jan Smuts, formou o Partido Surafricano, ou SAP. Amplamente visto como moi conciliador cos británicos, Botha enfrontou revoltas desde dentro do seu propio partido e da oposición do Partido Nacional de James Barry Munnik Hertzog. Cando Suráfrica alcanzou o status de dominio en 1910, Botha foi o primeiro Primeiro Ministro da Unión Surafricana.
Cara ao final da guerra conduciu brevemente unha misión militar británica a Polonia durante a Guerra Polaco-Soviética. Sostivo que os termos do Tratado de Versalles eran moi duros para as Potencia Centrais, aínda que subscribiu igualmente o tratado.