La série suit l'équipage de l'USS Colorado, sous-marin nucléaire lanceur d'engins de Classe Ohio de l'US Navy. Le sous-marin reçoit un ordre de tir de missiles nucléaires vers le Pakistan. Toutefois, si l'ordre a un code d'authentification valide, il passe par un canal secondaire d'urgence alors que le canal officiel est parfaitement opérationnel. Ceci viole le protocole de lancement nucléaire, mais quand le Colorado demande confirmation de l'ordre de tir par le canal officiel, un autre navire américain les prend pour cible. À la suite de cette agression, ils deviennent ennemis de leur propre pays et s'emparent de l'avant-poste de surveillance de l'OTAN situé sur l'île fictive de Sainte Marina, déclarant cette île pays souverain avec capacités nucléaires. L'équipage doit trouver le moyen de prouver son innocence et de confondre le véritable responsable pour espérer rentrer chez eux, tout en prenant garde aux tentatives d'autres pays de s'emparer d'un SNLE américain et des secrets qu'il renferme.
Marcus Chaplin est le capitaine de l'USS Colorado, le sous-marin nucléaire le plus puissant jamais construit. Lorsqu'il reçoit par une fréquence secondaire l'ordre de tirer quatre missiles nucléaires sur le Pakistan, ce qui va à l'encontre du protocole de tir nucléaire, il demande confirmation de l'ordre par les voies officielles. Au lieu d'obtenir une confirmation de l'ordre, le Colorado se fait tirer dessus par l'USS Illinois et est laissé pour mort au fond de l'océan. Les États-Unis accusent le Pakistan de l'attaque, ce qui conduit à une frappe nucléaire contre ce pays. L'équipage du Colorado prend le contrôle de l'île de Sainte Marina où se trouve un avant-poste de l'OTAN. Chaplin menace de lancer ses missiles vers n'importe quel pays qui attaquerait son navire ou l'île, y compris les États-Unis.
Après avoir décrété une zone d'interdiction de 200 miles autour de l'île sur laquelle le sous-marin et son équipage ont accosté, le capitaine Chaplin doit faire face aux réticences de certains membres de son équipage à le suivre dans sa démarche. Une flotte de navires de guerre se poste autour de l'île, ce qui incite Chaplin à enclencher le prototype servant à effacer la signature magnétique du sous-marin et de disparaître des radars. Une équipe d'intervention est alors larguée sur l'île. L'équipage se prépare alors pour se protéger de ces assaillants. Le lieutenant Shepard doit quant à elle se confronter à des problèmes d'autorité. Deux membres de l'équipage ont disparu, deux équipes sont alors créées pour aller à leur recherche sur l'île. Pendant ce temps, à Washington, la femme de Kendall est malmenée par des membres du gouvernement lors d'un interrogatoire.
La recherche par Marcus de trois membres d'équipage portés disparus le mène à Serrat et ce dernier lui demande une rançon. Entre-temps, une rencontre entre Kylie et l'amiral Sheppard confirme à cette dernière que l'ordre de faire feu émanait bien d'une fréquence secondaire.
Alors que Marcus et Sam apprennent qu'ils seront accusés de trahison envers les États-Unis, le moral de l'équipage est au plus bas. Les tensions sont tellement élevées qu'un conflit éclate entre les membres d'équipage. Certains d'entre eux ont reçu l'ordre d'exécuter Chaplin. Tandis que William Curry tente de justifier le massacre nucléaire commis par les États-Unis au Pakistan face à un monde qui s'est unanimement retourné contre eux, Kyle Sinclair se rend compte que son prototype a été volé après qu'elle ait posé des questions gênantes au sujet du Colorado. Entre-temps, un vieil ami de Sam tente de rassurer Christine, la femme de ce dernier, qui subit un harcèlement à la suite de la mise en accusation de son mari.
April Grace (Amanda Straugh, conseillère à la Maison-Blanche)
Résumé détaillé
Le secrétaire à la Défense des États-Unis arrive sur l'île avec l'amiral Shepard et une haut dignitaire de la Maison_Blanche pour tenter de négocier avec le commandant Chaplin et son second. Durant les négociations, Chaplin fait pression en mettant dans la balance les membres des forces spéciales récupérés, ce qui effraie le secrétaire à la Défense. De son côté, Grace se retrouve commandant par intérim du sous-marin et doit faire face à plusieurs menaces. Christine se rallie à Kylie afin de dévoiler la vérité sur l'USS Colorado.
Épisode 6 : Mauvais trip
Titre original
Another Fine Navy Day (trad. litt. : « Une autre bonne journée de la Marine »)
La population de l'île est droguée avec l'équipage du sous-marin ce qui leur cause de sévères hallucinations. Plus grave encore, l'USS Colorado est victime d'un sabotage et le capitaine Chaplin se rend compte qu'on lui a dérobé sa clé de tir nucléaire.
États-Unis : 5,68 millions de téléspectateurs[12] (première diffusion)
Résumé détaillé
Chaplin tente de découvrir qui lui a volé sa clé de lancement, ce qui accroit les tensions avec l'équipage ; mais aussi avec Serrat, le trafiquant ayant participé à la neutralisation de l'équipage et ayant vendu ses produits stupéfiants à l'équipage. Entre-temps, Kendall apprend qu'une faction de Washington voit l'équipage du Colorado comme un symbole de résistance à l'administration américaine ayant commis un massacre nucléaire, et qu'elle pourrait obtenir une amnistie complète pour l'équipage à condition que Chaplin soit retiré de son commandement.
Épisode 8 : Crime de guerre
Titre original
Big Chicken Dinner (trad. litt. : « Grand dîner de poulet »)
Afin de détendre un peu les tensions, Chaplin organise une fête réunissant l'équipage du Colorado et les habitants de l'île. Mais la fête dégénère quand un membre essentiel de l'équipage est accusé de viol par une des habitantes.
Le navire à bord duquel se trouvent les familles des membres d'équipage est pris d'assaut par des commandos pakistanais. Il se trouve que l'Inde est sur le point de les envahir, et que le Pakistan veuille forcer l'équipage du Colorado à tirer ses missiles pour anéantir la force d'invasion indienne. Le problème est que Chaplin a perdu sa clé de lancement. Par ailleurs, un flashback révèle que l'équipe des SEALs du Colorado, qui était supposée exfiltrer un inspecteur nucléaire, a en réalité reçu l'ordre direct de William Curry de planter de fausses preuves accusant le Pakistan de fabriquer des armes nucléaires pour les vendre ensuite à des groupes terroristes.
Un émissaire du gouvernement chinois offre du ravitaillement bienvenu. Entre-temps, Chaplin doit décider ce qu'il doit faire de certains de ses hommes qui sont emprisonnés. Kendal, dont la femme a été enlevée pour servir d'otage, tente de libérer cette dernière.
Épisode 11 : Tête brûlée
Titre original
Damn the Torpedoes (trad. litt. : « Au diable les torpilles »)
L'US Navy tente d'intercepter le ravitaillement chinois. Pendant ce temps, Kyle apprend que c'est le président en personne qui est derrière l'attaque nucléaire contre le Pakistan. Il en informe le président de la Chambre tandis que l'amiral Shepard met sur pied un coup d'État pour renverser l'administration et que Serrat fasse affaire avec les Chinois.
Épisode 12 : Putsch
Titre original
The Pointy End of the Spear (trad. litt. : « Le bout pointu de la lance »)
Prossler tente une mutinerie en commençant par couler un navire de ravitaillement chinois. Pendant ce temps, le président de la Chambre dénonce le coup d'État avant de se suicider, forcé par le père de Kyle, qui lui offre la survie de sa famille en échange de son ralliement au président.
Alors que les mutins de Possler tentent de vendre le Colorado aux Chinois, Chaplin reprend le contrôle du sous-marin, le temps de le saborder. À Washington, Kyle semble se rallier au président, allant jusqu'à abattre son amant ; mais elle révèle au monde les preuves qu'il a organisé l'attaque nucléaire du Pakistan avant de l'exécuter.
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