Fils de Ghislain Bot, haut magistrat, Yves Bot a soutenu en 1980, à l'université Panthéon-Assas, une thèse de doctorat d'État en droit, sous la direction du professeur Jean-Claude Soyer, intitulée L'autorité judiciaire et l'exécution des peines[3]. Il a reçu le grade de docteur d'État avec la « mention très bien ».
Yves Bot a été nommé auditeur de justice en . D'abord substitut du parquet du Mans de 1974 à 1980 puis premier substitut du parquet du Mans de 1980 à 1982[1]. En 1978, il traite un dossier financier considérable (140 millions de francs escamotés au détriment du Crédit national, de plusieurs banques présentes au Mans, du Crédit industriel de l'Ouest à Angers, le Trésor public, etc.).
Yves Bot est procureur de la République à Dieppe de 1982 à 1984 et procureur adjoint de la République à Strasbourg de 1984 à 1986 ; ensuite, Yves Bot est nommé procureur de la République de Bastia de 1986 à 1988[1].
Chargé de mission pour les affaires pénales, pénitentiaires de la protection judiciaire de la jeunesse de à mai 1995 dans le cabinet de Pierre Méhaignerie, garde des Sceaux.
Yves Bot a écarté en une possible audition de Jacques Chirac, alors que celui-ci était susceptible d'être mis en cause dans l'affaire des emplois fictifs du RPR. Il s'était en effet déclaré incompétent pour poursuivre le Président de la République dans l'exercice de ses fonctions, suivant ainsi une décision du Conseil constitutionnel du . Le juge Patrick Desmure, nommé par la suite procureur à Chartres, avait suivi les réquisitions du procureur.
La fonction de procureur général près la cour d'appel de Paris est un poste à la fois convoité et très exposé en raison de la sensibilité des affaires politico-financières qui y sont traitées. La nomination de Yves Bot a été entérinée par un décret du président la République, Jacques Chirac, en date du et publié au Journal officiel.
Dans la lutte pour ce poste éminemment politique qu'est le parquet de Paris, Yves Bot l'a emporté sur ses rivaux, parmi lesquels figuraient le procureur de Lyon Christian Hassenfratz, le procureur général près la cour d'appel de Rouen Christian Raysseguier ou Jean-Claude Marin, avocat général à la Cour de cassation, finalement nommé directeur des affaires criminelles et des grâces (DACG), autre poste hautement stratégique.
Le procureur de Paris a eu à gérer de brûlants dossiers politico-financiers encore à l'instruction, comme les affaires Elf, Falcone ou encore les marchés de rénovation des lycées d'Île-de-France. Il s'est aussi prononcé sur l'épineuse question des « frais de bouche, de gestion et de cuisine » de la mairie de Paris, dénoncés par l'actuelle municipalité mais dans ce cas les faits sont, semble-t-il, prescrits.
L'affaire d'Outreau - Concernant l'affaire de pédophilie d'Outreau, en , le procureur général de Paris, Yves Bot, a présenté devant la cour d'assises d'appel de Paris ses « regrets » aux accusés et a confirmé la demande d'acquittement général en leur faveur.
