Diplômé de l'université Brown, Claflin travailla d'abord dans la manufacture en chaussure de son père avant d'ouvrir sa propre entreprise de chaussure à Saint-Louis (Missouri). Il devint ensuite détenteur de parts sociales dans l'entreprise familiale.
Après avoir été lieutenant-gouverneur du Massachusetts au côté du gouverneur Alexander Hamilton Bullock, Claflin fut à son tour élu gouverneur en 1868 et exerça pendant trois mandats. À ce poste, il accorda le droit de vote aux femmes du Massachusetts, étendit leurs protections juridiques, réforma les prisons et créa le premier bureau de santé publique. Il créa également la commission des affaires indiennes du Massachusetts avec Wendell Phillips et Helen Hunt Jackson. En 1869, il accorda sa licence à l'université de Boston, une institution méthodiste que son père avait cofondé. Après son 3e mandat, il refusa de se représenter et revint à ses activités industrielles et sociales, effectuant d'importants dons pour développer l'université Claflin, une université pour les afro-américains méthodistes de Caroline du Sud fondée en 1869. Après avoir été élu au Congrès des États-Unis pendant deux mandats, il meurt en 1905 à Newton (Massachusetts).