Lors du championnat du monde d'échecs par équipes 2010, Malakhov remporta la médaille d'or par équipe et la médaille d'or individuelle à l'échiquier de réserve[1]. La même année, il remporta la médaille d'argent par équipe lors de l'Olympiade d'échecs de 2010 (il jouait à l'échiquier de réserve).
Malakhov participe régulièrement à la coupe d'Europe des clubs d'échecs depuis 2001 et a remporté deux médailles d'or par équipe : en 2001 avec l'équipe Nikel de Norilsk et en 2008 avec l'équipe OUral de l'oblast de Sverdlovsk (Iekaterinbourg) ainsi que quatre deuxièmes place par équipe (en 2002, 2007, 2010 et 2013) et quatre médailles de bronze par équipe[2].