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Unit 13 se joue comme un SOCOM traditionnel : à la troisième personne la plupart du temps avec la possibilité de passer en première personne quand le joueur vise avec une arme équipée des modifications adaptées. Les objectifs peuvent être complétés dans n'importe quel ordre pour chaque mission. Si certaines missions n'obligent pas le joueur à choisir une approche en particulier, d'autres imposent le respect de certaines conditions de victoire, compléter le niveau en restant furtif par exemple.
Toutes les missions sont disponibles en mode coopération.