Plusieurs articles secrets étaient attachés au traité. Ces articles définissaient l'échange de ressortissants soviétiques et allemands entre les deux zones de la Pologne occupée, redessinaient une partie des sphères d’influence en Europe centrale définies par le pacte Molotov-Ribbentrop. Ils stipulaient également qu'aucune des parties ne permettrait sur son territoire une « agitation polonaise », dirigé contre l’autre parti. Lors de l'invasion occidentale de la Pologne, la Wehrmacht avait pris le contrôle de la voïvodie de Lublin et de voïvodie de Varsovie, territoires qui, selon le pacte Molotov-Ribbentrop se trouvaient dans la sphère d'influence soviétique.
Pour compenser cette «perte», les clauses secrètes du traité transféraient la Lituanie à la sphère d'influence soviétique, à l'exception d'un petit territoire dans la région de Suwalki, parfois connue comme le Triangle de Suwalki. Après ce transfert, l'Union soviétique lança un ultimatum à la Lituanie, et l’occupa le établissant la RSS de Lituanie.
Références
(en) Alfonsas Eidintas, Vytautas Žalys, Alfred Erich Senn, Lithuania in European Politics: The Years of the First Republic, 1918–1940, New York, St. Martin's Press, (ISBN0-312-22458-3), p. 170