En , il devient pour la première fois champion de Belgique de cyclo-cross. Il devance le grand favori Wout van Aert triple champion du monde et triple champion national en titre. Sur le difficile circuit de Kruibeke, Aerts parvient à lâcher van Aert à deux tours de la fin et le devance de plus cinquante secondes à l'arrivée[2].
Il remporte deux années de suite le classement général de la Coupe du monde de cyclo-cross en 2018-2019 (vainqueur des deux manches américaines) et 2019-2020. En 2019, 2020 et 2021, il est médaillé de bronze du championnat du monde de cyclo-cross[3]. À l'issue de la saison 2020-2021, il est classé numéro 1 mondial du cyclocross pour la première fois.
Lors de la saison 2021-2022, il gagne la manche de Coupe du monde de Zonhoven, ainsi que deux manches et le général du X²O Badkamers Trofee. En février 2022, il est révélé que le létrozole, un produit utilisé contre le cancer du sein a été retrouvé dans un échantillon de son urine, lors d'un test réalisé hors compétition juste avant les mondiaux de cyclo-cross, où il prend la sixième place[4]. Le produit est également consommé par les personnes qui utilisent des stéroïdes anabolisants et qui souhaitent bloquer les effets féminisants ou stimuler la production de testostérone en empêchant sa dégradation. Il fait partie de la liste des substances interdites de l'AMA. Aerts nie les faits et met un terme à sa saison en attendant les résultats de l'échantillon B[5]. En décembre 2022, il est suspendu deux ans, soit jusqu'au 16 février 2024[6],[7]. Aerts fait appel, mais le Tribunal antidopage de l'UCI confirme la suspension en août 2023[8].
Lors de l'hiver 2024-2025, il se classe deuxième de trois manches de Coupe du monde de cyclo-cross à Dublin, Namur et Besançon.
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