En 1641, Morton fait partie des douze évêques arrêtés pour s'être opposés à la tentative de la Chambre des communes d'exclure les pairs spirituels de la Chambre des lords. Du fait de son grand âge, il n'est pas enfermé à la tour de Londres, mais simplement assigné à résidence. L'abolition de l'épiscopat, en 1646, le prive de ses sources de revenus. Il termine sa vie comme hôte de Christopher Yelverton à Easton Maudit, dans le Northamptonshire, où il est inhumé après sa mort à l'âge de quatre-vingt-quinze ans[1].
