Le maréchal Édouard Mortier impose un blocus pendant deux mois à la ville avant d'être rappelé sur un autre front.
Pendant son absence, les Suédois tentent de mettre fin au siège mais les Français contre-attaquent, aboutissant à une trêve. Celle-ci est en revanche violée par le roi Gustave IV Adolphe de Suède, le maréchal Guillaume Brune envoie alors ses 40 000 hommes à l'assaut de la forteresse.
Dépassés numériquement, les Suédois abandonnent ce port stratégique de la Baltique ainsi que l'île voisine de Rügen. Stralsund est alors occupée par les Français, mais est reprise brièvement par les Prussiens de Ferdinand von Schill en avant de redevenir sous contrôle français quelques jours plus tard.
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