Aux États-Unis en 2049, le sénateur Thurman a convoqué le député Donald Keen pour la réalisation d'un abri anti-atomique, haut comme un gratte-ciel, mais enterré.
En 2110, dans le Silo 1, Troy est sorti d'hibernation pour prendre une nouvelle faction. En tant que directeur de tous les Silos, il est confronté rapidement à une catastrophe : le silo 12 est en voie d'être perdu.