Le nom de Salzach, anciennement Salza, comme celui de Salzbourg, provient du mot allemand salz, signifiant sel. Jusqu'au XIXe siècle, le transport du sel sur la Salzach a été un facteur important de l'économie du land de Salzbourg mais avec l'arrivée du chemin de fer, la navigation fluviale est rapidement supplantée par ce nouveau mode de transport.
Le nom latin dès l'antiquité était Iuvarus, dérivant d'une divinité du fleuve celtique; de cette rivière la cité romaine a gardé le nom Iuvavum.
La Salzach fit la richesse de Burghausen du XIVe au XVIe siècle. Elle permettait le transport et le commerce du sel qui était acheminé par des barques à fond plat depuis Hallein, près de Salzbourg, jusqu'à Passau. Depuis le milieu du XIXe siècle, la rivière est largement canalisée pour limiter les risques d'inondation, notamment autour de Salzbourg. La création d'installations hydroélectriques est envisagée dans les années 1960, mais une vague de protestations fait échouer le projet[1]. Au début du XXIe siècle, des efforts sont entrepris pour rendre à la rivière son aspect naturel[2].
