La municipalité fait partie de l'ancienne seigneurie de l'Île-d'Orléans concédée à Jacques Castillon par la compagnie de la Nouvelle-France, le [1]. D’abord une mission desservie par le curé de Sainte-Famille en 1680, Saint-Jean est érigée en paroisse en 1714. La municipalité est créée en 1855 sous le nom de Saint-Jean-Baptiste et prend son nom actuel en 2003. Un village de pilote maritime, riche en histoire et en architecture
Vers 1860 à Rivière-Lafleur est créée la Corporation des pilotes du Saint-Laurent central où l’adhésion de tous les pilotes qui naviguent entre Québec et Montréal est obligatoire. Encore aujourd'hui, entre Les Escoumins et Montréal, les navires commerciaux de plus de 100 pieds de long qui circulent sur le fleuve Saint-Laurent doivent obligatoirement être guidés par des pilotes brevetés, afin d’assurer la sécurité et de protéger les écosystèmes fluviaux et maritimes.