La section féminine fut créée en 1975 par l'absorption de l'équipe de SpVgg Freiburg-Wiehre. En 1985 une partie de l'équipe retourna au SpVgg Freiburg-Wiehre, qui six années plus tard réussit à se qualifier pour la montée en Bundesliga, comme le club n'avait pas les finances pour évoluer à ce niveau, l'équipe féminine retourna au SC Fribourg qui le reforma sa section féminine.
En 1998 le club monta en Bundesliga mais sera relégué en fin de saison, deux ans plus tard le SC Fribourg réussit à remonter et à s'établir dans la plus haute division du Championnat d'Allemagne.
Après la saison 2009/2010, le club descend en 2e Bundesliga, mais remonte dès la saison suivante.
En 2015/2016, le SC Fribourg termine quatrième de la Bundesliga, ce qui représente pour l'instant son meilleur classement en Bundesliga.
↑Seule la nationalité sportive est indiquée. Un joueur peut avoir plusieurs nationalités mais n'a le droit de jouer que pour une seule sélection nationale.
↑Seule la sélection la plus importante est indiquée.