Cet établissement d'enseignement fut fondé par l'abbé Jean Daguerre le , Un petit séminaire avec une chapelle fut construit aux frais de la communauté et l'on proposa de le donner à l'abbé Daguerre et aux prêtres qui se trouveraient avec lui.
C'est en 1739 que les premiers élèves affluent de tout le Pays basque nord et sud pour y étudier la philosophie et de théologie. Le collège se développe très rapidement et exerce une forte influence sur les prêtres et les habitants des paroisses. Son influence va du diocèse de Bayonne, à ceux de Dax et d'Oloron-Sainte-Marie.
En , les prêtres, qui refusaient de prêter serment, durent partir et l'établissement fut alors racheté par la commune de Larressore et rouvert en 1820. Après le vote de la loi de séparation des Églises et de l'État, le petit séminaire devint propriété de l’État le .
Hôpital auxiliaire n° 216 durant la guerre de 1914-1918, le séminaire devient ensuite un sanatorium départemental.
