Il est le premier membre d'une famille de musiciens espagnols, puisqu'il est le frère aîné du compositeur Ernesto Halffter et l'oncle de Cristóbal Halffter, également compositeur. Sa mère, Rosario Escriche Erradón, catalane, a initié ses enfants à la musique et les a incités à l'étudier.
En grande partie autodidacte, il fit partie du Grupo de los Ocho (Groupe des huit) ou Grupo de Madrid. Le musicien espagnol Adolfo Salazar (1890-1958) influença les jeunes compositeurs du groupe en leur faisant découvrir les artistes européens alors d'avant-garde tels Debussy, Schoenberg, Ravel, Bartók. C'est dans cette première partie de sa vie qu'il composa ses œuvres les plus importantes, tout en étant critique musical au quotidien madrilène La Voz et secrétaire au ministère de la Propagande du gouvernement républicain.
Au Mexique, il fut professeur à Mexico au Conservatoire national de musique.
Halffter retourna en Espagne à de nombreuses occasions à partir de l'année 1963.
