Le río Ariguaní prend sa source sur le versant ouest de la sierra Nevada de Santa Marta, dans le département de Magdalena. Il coule ensuite vers le sud-ouest puis le sud-est avant de rejoindre le río Cesar, au niveau de la municipalité d'El Paso, dans le département de Cesar.
Sur la plus grande partie de son cours, le río Ariguaní sert de frontière naturelle entre les départements de Cesar et Magdalena.
