La réserve naturelle nationale de la baie de l'Aiguillon (en fait deux réserves naturelles nationales : RNN130 et RNN146) couvre une partie du domaine public maritime des départements de la Vendée et de la Charente-Maritime, à l'embouchure de la Sèvre niortaise. Elle a été créée en deux temps : la partie vendéenne (RNN130) en 1996 et la partie charentaise (RNN146) en 1999 pour une surface totale d'environ 4 900 hectares.
Localisation
Située sur le littoral atlantique, aux limites des départements de la Vendée et de la Charente-Maritime, la baie de l'Aiguillon ou anse de l'Aiguillon s'ouvre sur l'océan Atlantique dans le Pertuis Breton, en face de l'Île de Ré.
La Sèvre niortaise vient y mêler ses eaux dans une embouchure qui s'évase sur plus d'un kilomètre de largeur et qui constitue le principal émissaire.
La baie résulte du comblement du golfe des Pictons, phénomène accentué par les aménagements historiques qui ont donné naissance au Marais poitevin. Le dépôt continu de sédiments d'origine marine fait que son envasement est régulier.
Située au débouché de la Sèvre niortaise et des principaux canaux de dessèchement du marais, la baie a été en partie polderisée à l'abri de la flèche sableuse constituant la pointe de l'Aiguillon. Les dernières tentatives dans ce sens ont eu lieu dans les années 1960.
Dans la nuit du 28 au , la tempête Xynthia, conjuguant des vents forts (160 km/h) de secteur Sud-Ouest et une marée de fort coefficient (102) avec une marée barométrique exceptionnelle (968 hPa), s'est traduite par une surcote estimée à plus d'1,50 mètre. Le débordement des digues et les brèches qui s'ensuivirent provoquèrent l'inondation des communes riveraines de la baie. La ferme de la Prée-Mizottière, située sur la commune de Sainte-Radegonde-des-Noyers, propriété du Conservatoire du littoral abritant notamment les locaux de la réserve, fut totalement inondée.
Écologie (biodiversité, intérêt écopaysager…)
La vasière s'étend sur environ 3 700 ha au sein de la réserve naturelle. Le pré salé couvre 1 100 ha.
Toujours siège d'une importante activité mytilicole équivalant à 15 % de la production nationale[2], la baie est aujourd'hui entièrement classée réserve naturelle nationale[3].
Elle est en effet répertoriée de longue date comme un site d’hivernage et de halte d’importance nationale et internationale pour les oiseaux d’eau migrateurs.
Flore
La végétation du milieu littoral est constituée essentiellement d'espèces halophiles. Sur l'ensemble de la réserve, on dénombre 110 espèces végétales dont 68 sur les prés salés et les dunes, parmi lesquelles : la Salicorne, la Puccinellie maritime, l'Obione, les Phragmites, l'Ophrys araignée.
5 400 barges à queue noire () ; il s'agit du plus important site d'hivernage en France de cette espèce, qui à lui seul rassemble de 30 à 50 % des effectifs hivernant dans le pays[5].
Pour mieux comprendre la qualité de l’eau (plus ou moins saumâtre) et le fonctionnement écologique de la Baie[6], des sondes multiparamétriques mesurent depuis , toutes les 10 min la température et la salinité, au niveau du Chenal Vieux, du Canal de Luçon, du Canal du Curé, de la Sèvre niortaise sur le pont du Brault et bouée d’eau saine et du Lay (pont de la Faute-sur-Mer et bouée). En , Les séries temporelles de température et de salinité ainsi obtenues ont été mises en ligne[7].
En , d’anciens aménagements ostréicoles ont été démantelés par une pelleteuse amphibie dotée d’un broyeur, à proximité la Pointe de l’Aiguillon (restes de tables à huîtres, abandonnés dans les années 60 puis colonisés par une population dense d’huîtres japonaises (espèce invasive), afin de restaurer les vasières [8].
Intérêt touristique et pédagogique
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Administration, plan de gestion, règlement
Du fait de l'existence sur le plan administratif de deux réserves naturelles, régies par deux décrets distincts, la gestion de l'ensemble est elle-même partitionnée : côté Vendée, la gestion a été confiée à l'Office français de la biodiversité (OFB), établissement public dépendant des Ministères chargés de l'Environnement et de l'Agriculture, certaines missions techniques étant confiées à la Ligue pour la protection des oiseaux (LPO). Côté Charente-Maritime, la gestion a été confiée conjointement à l'OFB et à la LPO. Les deux conservateurs et leurs équipes techniques travaillent de concert, et ils mettent en œuvre un plan de gestion commun.
La réserve naturelle a été créée par deux décrets séparés. La partie vendéenne (RNN130) a d'abord fait l'objet du décret no 96-613 du [9]. La partie charentaise (RNN146), a été créée par le décret no 99-557 du [10].