Quaranjavirus

Quaranjavirus

Microscopie électronique en transmission d'une section ultrafine de cellules Vero infectées par le virus de la rivière Cygnet provenant d'un canard musqué d'Australie^[1].

Classification

Domaine	Riboviria
Embranchement	Negarnaviricota
Sous-embr.	Polyploviricotina
Classe	Insthoviricetes
Ordre	Articulavirales
Famille	Orthomyxoviridae

Genre

Quaranjavirus
ICTV^[2]

Espèces de rang inférieur

• Quaranjavirus araguariense
• Quaranjavirus chadense
• Quaranjavirus johnstonense
• Quaranjavirus quaranfilense
• Quaranjavirus tyulekense
• Quaranjavirus wellfleetense

Les quaranjavirus forment un genre de virus à ARN monocaténaire de polarité négative de la famille des Orthomyxoviridae, laquelle comprend également les différents virus de la grippe. Ce sont des virus à génome segmenté, le plus souvent à 6 segments. Le nom du genre fait référence au virus de Qaranfil, du nom d'un quartier cairote où il a été isolé^{[note 1]}, et à l'Atoll Johnston (Johnston Atoll, expliquant les lettres « ja » du nom « Quaranjavirus »). Le virus du lac Tchad est également pressenti pour rejoindre ce genre de virus^[3].

Les quaranjavirus infectent essentiellement les arthropodes et les oiseaux. Ces virus sont transmis aux vertébrés par des tiques, à l'instar des thogotovirus. Le virus de Qaranfil est, en 2015, le seul du genre dont on a montré qu'il est également susceptible d'infecter des humains.

Génétique et structure

Il s'agit de virus enveloppés pléomorphes, généralement sphériques ou ovoïdes mais pouvant adopter des formes variées, dont les particules ont un diamètre compris entre 80 et 120 nm^[4]. Les virions contiennent une dizaine de granules évoquant des ribosomes et qui les font ressembler à des arénavirus^[4].

Ces virus contiennent généralement six segments d'ARN monocaténaire de sens négatif ayant chacun une longueur de 0,9 à 2,4 kilobases et au total une longueur de 11,5 kilobases. Le virus de la baie de Wellfleet contient un septième segment de 519 nucléotides^[5]. Chacun de ces segments exprime une protéine. L'ARN polymérase ARN-dépendante est codée par les trois segments les plus longs, notés PA, PB1 et PB2, comme pour les autres orthomyxovirus. Le 5^e segment code une glycoprotéine d'enveloppe, tandis que les 4^e et 6^e segments codent des protéines dont la fonction est inconnue^[6], bien qu'on ait proposé de les associer respectivement aux nucléoprotéines et aux protéines de matrice^[5]. La glycoprotéine des quaranjavirus n'est aucunement apparentée aux glycoprotéines des virus de la grippe (hémagglutinine, neuraminidase, glycoprotéine HEF), mais présente au contraire des analogies avec la glycoprotéine gp64 des Baculoviridae, qui infecte les insectes, et des thogotovirus, transmis par les tiques.

Le cycle de réplication du virus de Qaranfil dure environ 24 à 36 heures, ce qui est comparable à celui des Thogotovirus et plus long que celui des virus de la grippe^[3].

Hôtes et maladie

Les hôtes des virus du genre Quaranjavirus se trouvent à la fois parmi les arthropodes et les vertébrés. Les principaux arthropodes infectés sont des tiques molles de la famille des Argasidae^[5]. La plupart sont incapables d'infecter, au laboratoire, des lignées cellulaires de moustiques. Plusieurs espèces nouvelles du genre Quaranjavirus ont été proposées en 2015 à partir de séquences d'ARN obtenues chez des moustiques, des mouches, d'autres insectes et l'araignée Neoscona^[7].

Les oiseaux aquatiques qui nichent en colonies sont les hôtes vertébrés les plus courants, notamment les fous, les sternes et les hérons^[5]. Les virus de la rivière Cygnet et de la baie de Wellfleet ont été associés à une maladie souvent fatale chez des espèces de canards sauvages ou en élevage, avec des symptômes tels que diarrhées et léthargie^[5],[8]. La plupart des virus testés du genre Quaranjavirus sont capables d'infecter des souris en laboratoire ; ils provoquent des maladies sévères qui sont souvent fatales^[3],[4].

Le virus de Qaranfil est le seul du genre pour lequel on a montré qu'il peut infecter des humains. Ces infections s'avèrent la plupart du temps asymptomatiques et ont parfois été associées à une fièvre modérée^[3].

Notes et références

Notes

1. Noter que le Q arabe a été latinisé en Qu.

Références

1. (en) Allan Kessell1, Alex Hyatt, Debra Lehmann, Songhua Shan, Sandra Crameri, Clare Holmes, Glenn Marsh, Catherine Williams, Mary Tachedjian, Meng Yu, John Bingham, Jean Payne, Sue Lowther, Jianning Wang, Lin-Fa Wang et Ina Smith, « Cygnet River Virus, a Novel Orthomyxovirus from Ducks, Australia — Figure 1 », Emerging Infectious Diseases, décembre 2012 (consulté le 29 octobre 2019).
2. (en) « Virus Taxonomy: 2018b Release », ICTV, juillet 2018 (consulté le 27 septembre 2019).
3. (en) Rachel M. Presti, Guoyan Zhao, Wandy L. Beatty, Kathie A. Mihindukulasuriya, Amelia P. A. Travassos da Rosa, Vsevolod L. Popov, Robert B. Tesh, Herbert W. Virgin et David Wang, « Quaranfil, Johnston Atoll, and Lake Chad Viruses Are Novel Members of the Family Orthomyxoviridae », Journal of Virology, vol. 83, n^o 22,‎ novembre 2009, p. 11599-11606 (PMID 19726499, PMCID 2772707, DOI 10.1128/JVI.00677-09, lire en ligne)
4. (en) H. G. Zeller, N. Karabatsos, Ch. H. Calisher, J. -P. Digoutte, F. A. Murphy et R. E. Shope, « Electron microscopy and antigenic studies of uncharacterized viruses. I. Evidence suggesting the placement of viruses in families Arenaviridae, Paramyxoviridae, or Poxviridae », Archives of Virology, vol. 108, n^os 3-4,‎ septembre 1989, p. 191-209 (PMID 2690775, DOI 10.1007/bf01310934, lire en ligne)
5. (en) Andrew B. Allison, Jennifer R. Ballard, Robert B. Tesh, Justin D. Brown, Mark G. Ruder, M. Kevin Keel, Brandon A. Munk, Randall M. Mickley, Samantha E. J. Gibbs, Amelia P. A. Travassos da Rosa, Julie C. Ellis, Hon S. Ip, Valerie I. Shearn-Bochsler, Matthew B. Rogers, Elodie Ghedin, Edward C. Holmes, Colin R. Parrish et Chris Dwyer, « Cyclic Avian Mass Mortality in the Northeastern United States Is Associated with a Novel Orthomyxovirus », Journal of Virology, vol. 89, n^o 2,‎ 15 janvier 2015, p. 1389-1403 (PMID 25392223, PMCID 4300652, DOI 10.1128/JVI.02019-14, lire en ligne)
6. (en) « Quaranjavirus », sur ExPASy, Institut suisse de bioinformatique (consulté le 27 octobre 2019).
7. (en) Ci-Xiu Li, Mang Shi, Jun-Hua Tian, Xian-Dan Lin, Yan-Jun Kang, Liang-Jun Chen, Xin-Cheng Qin, Jianguo Xu, Edward C. Holmes et Yong-Zhen Zhang, « Unprecedented genomic diversity of RNA viruses in arthropods reveals the ancestry of negative-sense RNA viruses », eLife, vol. 4,‎ 2015, article n^o e05378 (PMID 25633976, PMCID 4384744, DOI 10.7554/eLife.05378.001, lire en ligne)
8. (en) Allan Kessell1, Alex Hyatt, Debra Lehmann, Songhua Shan, Sandra Crameri, Clare Holmes, Glenn Marsh, Catherine Williams, Mary Tachedjian, Meng Yu, John Bingham, Jean Payne, Sue Lowther, Jianning Wang, Lin-Fa Wang et Ina SmithComments to Author, « Cygnet River Virus, a Novel Orthomyxovirus from Ducks, Australia », Emerging Infectious Diseases, vol. 18, n^o 12,‎ décembre 2012, p. 2044-2046 (PMID 23171630, PMCID 3557875, DOI 10.3201/eid1812.120500, lire en ligne)