Les préfectures autonomes ont un niveau administratif immédiatement inférieur à celui des provinces ou des régions autonomes. Elles ont été conçues pour regrouper une ou plusieurs minorités ethniques. On les trouve principalement dans les régions occidentales de la Chine.
Comme toutes les autres subdivisions préfectorales, les préfectures autonomes sont subdivisées en xian ou équivalents (à l'exception de la préfecture autonome kazakhe d'Ili qui contient deux préfectures).
L'autonomie réelle de ces préfectures fait toutefois l'objet de contestations, du fait du caractère non démocratique de la république de Chine et de la mainmise des autorités centrales sur les choix et décisions locales.