Le principe du jeu consiste à faire disparaître sur un quadrillage des cases de couleur noires ou blanches en formant des lignes horizontales. Il faut, pour y arriver, changer la couleur des blocs en les retournant à l'aide de l'écran tactile de la console. Polarium propose plusieurs modes de jeux, tels que défi, puzzles et duel[1].
Polarium Advance
Une version Game Boy Advance de Polarium, appelée Polarium Advance, est commercialisée au Japon en , en Europe en et aux États-Unis en . Toujours édité par Nintendo au Japon et en Europe, le jeu a été édité par Atlus aux États-Unis. Le jeu contient quatre fois plus de puzzles que dans la version originale. Le mode Challenge a été supprimé, plusieurs thèmes sont disponibles pour changer la couleur et l'aspect des blocs, et quelques modifications mineures ont été apportées au gameplay.