En 1984, Kanjorski se présente à la Chambre des représentants des États-Unis dans le 11e district de Pennsylvanie[1]. Il bat le démocrate sortant durant les primaires[1] puis remporte l'élection générale avec 59 % des suffrages face au républicain Robert Hudock[3]. Il est facilement réélu dans cette circonscription du nord-est de la Pennsylvanie[4], autour de Scranton et Wilkes-Barre[1]. Entre 1986 et 2006, il rassemble toujours plus de 66 % des voix (à l'exception de l'élection de 2002 où il ne rassemble que 55,6 % des suffrages face à Lou Barletta, maire d'Hazelton)[3]. En 2008, le démocrate affronte à nouveau Barletta, qui s'est fait connaître grâce à ses positions hostiles à l'immigration et aux immigrés[4]. Profitant de l'élection de Barack Obama[5],[6], il bat le républicain mais avec seulement 51,6 % des suffrages[3].
Durant son mandant, Kanjorski est un membre important de la commission des services financiers de la Chambre. Après la crise bancaire et financière de l'automne 2008, il participe à la rédaction de plusieurs régulations de l'industrie financière[4],[5].
Kanjorski est candidat à un nouveau mandat lors des élections de 2010, affrontant une fois de plus Barletta. Le maire d'Hazelton critique le sortant pour son vote en faveur du renflouement des banques, l'estimant à la botte des intérêts de Wall Street[5], et pour son vote en faveur de l'Obamacare[6]. Le duel est considérée serré par les commentateurs politiques, voire légèrement favorable aux républicains[4],[6]. Dans une circonscription historiquement démocrate et ouvrière, Kanjorski se retrouve derrière Barletta dans les sondages[6]. Dans un contexte de « vague républicaine »[1], il est finalement battu, ne réunissant que 45,3 % des voix contre 54,7 % pour le républicain[3].