Owensboro a été fondée dans les années 1790 par William « Bill » Smeathers. À l’époque, la localité s’appelle Yellow Banks. Le premier bureau de poste ouvre en 1806. En 1817, Yellow Banks est incorporée en tant que ville sous le nom d’Owensborough. La ville est nommée ainsi en hommage au colonel Abraham Owen (auquel on doit aussi le nom du comté d'Owen, dans le Kentucky). Le nom actuel date de 1893.
À noter
La ville a été le théâtre de la dernière pendaison publique aux États-Unis. Le , l’Afro-AméricainRainey Bethea est exécuté pour le meurtre et le viol d’une femme de 70 ans.