Le territoire appartient au bailliage d'Aarbourg, possession des Frobourg jusqu'en 1299, puis des Habsbourg jusqu'en 1415, puis de la ville de Berne.
La commune est fondée en 1901 à la suite de la fusion de Riken et Balzenwil ; avec plus de 18 km2, Murgenthal est la troisième plus grande commune du canton d'Argovie. La commune de Murgenthal inclut les localités de Riken, Balzenwil et Glashütten[3].