Rejoignant la Ligue musulmane, Muhammad Ali Bogra est donc l'un des artisans de la création du Pakistan, pays destiné à représenter les populations musulmanes du sous-continent indien. Au sein du parti, il est responsable de la région du Bengale.
Nommé Premier ministre le par le gouverneur généralMalik Ghulam Muhammad, il s’attèle au projet de constitution, et soumet une proposition à l'Assemblée constituante prévoyant une représentation égale entre le Pakistan occidental et le Pakistan oriental. Alors que le processus d'adoption du texte est toujours en cours, l'assemblée est dissoute par le gouverneur général. Ali Bogra est finalement poussé à la démission par le nouveau gouverneur général Iskander Mirza le .
Il sert enfin en tant que ministre des Affaires étrangères durant le régime de Muhammad Ayub Khan, du jusqu'à sa mort le .