Il est le fils du sultan Mehmed IV, déposé en 1687. Il succède à son oncle Ahmet II décédé en 1695.
L'Empire ottoman est depuis 1683 en conflit avec une coalition d'États européens menée par l'empire des Habsbourg (Sainte Ligue) et la Russie (depuis 1686), au cours duquel les Ottomans ont essuyé des revers (Mohács (1687), Slankamen (1691), défaites en Grèce). Moustapha prend des mesures énergiques pour tenter de reprendre l'avantage, en diminuant les dépenses de l'État, en augmentant les taxes sur le tabac et le café, en renforçant l'armée et la marine[1] et en menant une politique monétaire saine. Il obtient ainsi quelques succès en 1695 (reprise de Chios) et 1696, mais ne peut empêcher les Russes de prendre Azov en 1696. L'armée ottomane est finalement battue à Zenta par les Autrichiens en et l'empire doit céder de vastes territoires à ses ennemis à la suite du traité de Karlowitz en 1699 et au Traité de Constantinople en 1700[2].
Au cours des dernières années de son règne, il se désintéresse des affaires de l'État, passant la majeure partie de son temps dans le palais d'Edirne. Après 1699, son grand vizir Amjazade Hüseyin améliore la situation financière, réduit fortement le nombre de fonctionnaires et de janissaires et contrôle plus sévèrement le système des timars ; ces mesures sont en partie annulées après 1702 par ses successeurs[3].
En , les janissaires se révoltent à la suite d'un projet d'expédition en Géorgie ; après avoir essayé de désamorcer la situation en renvoyant ses principaux ministres, Moustafa abdique le en faveur de son frère Ahmet III[4]. Il meurt en décembre de la même année.
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