Mimivirus

Mimivirus

Mimivirus

Classification

Groupe	Groupe I

Famille

Mimiviridae
Schulz et al., 2017

Genre

Mimivirus
La Scola et al., 2003

Espèce

Acanthamoeba polyphaga mimivirus
La Scola et al., 2003

Mimivirus est un genre de virus à ADN. Les virus de ce taxon sont particulièrement grands, souvent plus gros que bien des bactéries, et de ce fait on les qualifie de girus — techniquement ils en sont le holotype. Au niveau écologique, Mimivirus infecte une amibe : Acanthamoeba polyphaga.

Reconstruction CryoEM du Mimivirus (reconstitution en modèle 3D informatique avec rendu en surface ombragée) du virion de Mimivirus
A) Vertex fermé en étoile à cinq branches - B) Vue de profil - C) Apex fermé - D) La structure du vertex a été enlevée pour montrer la nucléocapside interne - E) Coupe sagittale - F) Coupe transversale -
Les variations de couleur représentent la distance radiale à partir du centre du virus, avec les codes-couleur suivants : gris : 0 à 1 800 Å ; rouge : 1 800 à 2 100 Å ; coloration variant du rouge au bleu : de 2 100 et 2 500 Å
Chaque barre d'échelle = 1,000 Å

En 2009, son origine est sujette à discussion parmi les biologistes et certains voient en lui le représentant d'une nouvelle branche de l'arbre phylogénétique^[1], donnant ainsi un argument supplémentaire en faveur des théories selon lesquelles les virus devraient être considérés comme des êtres vivants à part entière^[2].

Jusqu'en 2012, Mimivirus était le quatrième plus grand virus connu — les premiers étant le virus ebola (dont la longueur peut dépasser un micromètre, une taille comparable à celle d'une bactérie) Mamavirus^[3], et Megavirus chilensis^[4]. En 2013, une équipe de chercheurs marseillais découvre les Pandoravirus, soit deux virus encore plus gros et génétiquement plus complexes que certaines bactéries, dans des sédiments en mer au Chili, et en eau douce en Australie^[5].

Histoire

Parce qu'anciennement les biologistes et virologues n'imaginaient pas qu'un virus puisse surclasser en dimensions une bactérie, la découverte de la nature virale d'un parasite de Acanthamoeba polyphaga allait prendre plus de dix ans.

Chronologie

C'est en 1992 qu'est prélevée l'eau d'une tour de climatisation industrielle à Bradford, en Angleterre. Y sont identifiés Acanthamoeba polyphaga et la découverte d'un parasite nouveau : d'abord assimilé à une bactérie, les « cellules » sont dénommées Bradford coccus.

Ce n'est qu'en 2003 que sera identifié Mimivirus en tant que virus à l'université de la Méditerranée à Marseille^[6] par l'équipe de Didier Raoult.

La séquence complète de son génome a été publiée en 2004^[7].

La description taxonomique est publiée en 2005 sous l'égide de l'Union Internationale des Sociétés Microbiologiques et de sa Division Virologie^[8].

Origine terminologique

Officiellement, le professeur de microbiologie Didier Raoult a baptisé ce microbe du nom de Mimivirus parce que cela signifie « Mimicking Microbe Virus ».

Officieusement, ce serait en souvenir des aventures de « Mimi l'amibe », un héros de son enfance sorti de l'imagination de son père qui lui racontait de la sorte l'histoire de l'évolution^[9].

Caractéristiques

À côté de toutes ses spécificités, Mimivirus tend à confirmer certains aspects de la définition d'un virus donnée par André Lwoff, notamment l'absence de ribosome et de ses protéines et l'incapacité de se diviser^[10]. Son mode de réplication passe par une phagocytose du virion, puis après une phase d'éclipse la mise en place d'usine à virions.

Virion

Dessin schématique d'un virion du genre Mimivirus (coupe transversale et vue latérale)

Mimivirus

De forme icosaédrique, il mesure 400 nanomètres de diamètre. Le matériel viral est introduit à son apex avant terminaison de la synthèse de la capside, alors que le vertex en forme d'étoile à cinq branches fusionnera avec la membrane du phagosome pour relarguer son contenu dans le cytoplasme hôte.

En plus de son ADN, il contient également de l'ARN et partage ainsi cette particularité avec les cytomégalovirus, mettant à mal ce dogme dans la définition des virus^[10].

Génome

Le génome contient environ 1 181 404 paires de bases et 1 262 gènes^[11]. C'était deux fois plus gros que les plus imposants virus identifiés à l'époque, plus gros que celui des plus petites bactéries^[1].

Chose étrange, certains de ces gènes (une trentaine) ne sont pas présents chez les autres virus, mais le sont dans les organismes cellulaires, comme ceux codant des protéines de réparation de l'ADN ou de la traduction de l'ARN en protéines. Ces gènes ne devraient pas servir à Mimivirus, car les virus utilisent la machinerie cellulaire de leur hôte^[10]. À tel point que certains ont relié Mimivirus à l'arbre de la vie aux côtés des trois domaines du vivant que sont les archées, les bactéries et les eucaryotes^[1].

Ces affinités avec le vivant ne font pas pour autant de lui un virus vraiment à part comparé aux autres virus, car il partage des dizaines de gènes spécifiques aux virus et neuf gènes qui sont communs à l'ensemble des autres virus^[10].

Pathogénicité chez l'humain

Son rôle comme agent de la pneumonie chez l'humain a été rapporté après la contamination d'un technicien de laboratoire^[12]. Un modèle expérimental a montré qu'il pouvait provoquer des pneumonies chez la souris.

Autre découverte

L'étude de Mimivirus par l'équipe de Didier Raoult a permis de découvrir en août 2008 un nouveau type de virus, surnommé Spoutnik. Ce dernier a la particularité de ne pas pouvoir infecter de cellule, ce qui le rend inapte à se multiplier par la seule méthode alors connue chez les virus. Pour accomplir son cycle de réplication, Spoutnik infecte une forme particulièrement grosse de Mimivirus, désignée sous le nom de Mamavirus, et détourne la machinerie cellulaire de la cellule-hôte, l'amibe Acanthamoeba polyphaga, que le Mimivirus a lui-même détournée. Ce nouveau type de virus parasitant d'autres virus a été dénommé virophage par analogie avec le terme bactériophage désignant les virus infectant les bactéries. Cette découverte est une première et démontre la richesse et la complexité de ces particules aux frontières du vivant^[13].

Classification

Ce virus n'est en 2008 pas classé par l'International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV)^[14]. Mais cette non-classification n'empêche cependant pas de le classer dans celle de Baltimore, où sa structure nucléique le range dans le groupe I des virus à ADN bicaténaires.

Par sa structure et la conservation de certains gènes spécifiques aux grands virus nucléocytoplasmiques (NCLDV), le mimivirus est classé dans ce groupe, mais il n'a cependant d'affinité particulière avec aucune des cinq familles de ce groupe, ce qui pousse certains virologistes à le classer au sein d'une nouvelle famille, les Mimiviridae^[1].

Notes et références

1. (fr) Jean-Michel Claverie, « Un virus encore plus géant que les autres », sur erudit.org, M/S : médecine sciences, 2005 (consulté le 12 août 2008)
2. Les virus, inertes ou vivants ?, d'Ali Saïb, Pour la Science, décembre 2006
3. Enter the Virosphere Science News
4. Le génome du plus gros virus jamais découvert séquencé, Le Monde, 11 octobre 2011
5. Nadège Philippe, Matthieu Legendre, Gabriel Doutre, Yohann Couté, Olivier Poirot, Magali Lescot, Defne Arslan, Virginie Seltzer, Lionel Bertaux, Christophe Bruley, Jérome Garin, Jean-Michel Claverie, Chantal Abergel (2013), “Pandoraviruses: Amoeba viruses with genomes up to 2.5 Mb reaching that of parasitic eukaryotes”; Science. DOI:10.1126/science.1239181 (résumé)
6. B. La Scola, S. Audic, C. Robert, L. Jungang, X. de Lamballerie, M. Drancourt, R. Birtles, J.-M. Claverie, D. Raoult, « A giant virus in amoebae », Science, 28 mars 2003, 299(5615), 2033.
7. (en) D. Raoult, S. Audic, C. Robert, C. Abergel, P. Renesto, H. Ogata, B. La Scola, M. Suzan, J.-M. Claverie, The 1.2-megabase genome sequence of Mimivirus., Science, 19 novembre 2004
8. (en) Bernard La Scola, Xavier De Lamballerie, Jean-Michel Claverie, Michel Drancourt et Didier Raoult, « The Double Stranded DNA Viruses : Genus Mimivirus », dans Claude M. Fauquet, M.A. Mayo, J. Maniloff, U. Desselberger, L.A. Ball (ed.) – Virology Division, International Union of Microbiological Societies, Virus Taxonomy : Eighth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses, San Diego, Elsevier Academic Press, 2005, viii + 1162 (ISBN 0-12-249951-4), p. 275-276
9. Didier Raoult, avec la collaboration de Véronique Dupont, Dépasser Darwin : L'évolution comme vous ne l'aviez jamais imaginée, Plon, Paris, p.26. (ISBN 978-2-259-21114-7)
10. (fr) Didier Raoult, « Mimivirus et l'histoire du vivant », IFR48, 22 mars 2006 (consulté le 12 août 2008)
11. (en) David Berg et Kim Tran, « Mimivirus - Genome », sur Human Virology At Stanford, 28 novembre 2005 (consulté le 12 août 2008)
12. (en) Mimivirus in Pneumonia Patients, de Bernard La Scola, Thomas J. Marrie, Jean-Pierre Auffray et Didier Raoult
13. (fr) « Le virophage : un virus capable d'infecter d'autres virus », Centre national de la recherche scientifique, 6 août 2008 (consulté le 7 août 2008)
14. (en)« 00.110.0.01. Mimivirus 00.110. Unassigned - ICTVdB Index of Viruses », International Committee on Taxonomy of Viruses (consulté le 13 août 2008)

Voir aussi

Bibliographie

• Didier Raoult, « Mimivirus : le plus gros des virus », Pour la Science, pp. 54–59, janvier 2006.