Après deux ans à l'inspection de la Direction des musées de France, il est nommé en 1992 directeur du musée Fabre de Montpellier[1], sur lequel il publie un ouvrage[2]. Il a publié un ouvrage sur Le Caravage et a été commissaire de nombreuses expositions du musée qu'il dirige.
Michel Hilaire est nommé conservateur en chef du Patrimoine en 2000 puis est élu membre de l'Académie des beaux-arts le [1].