Lorsque Qalawun fait le siège de Tripoli en , il commande les renforts envoyés par l'ordre de Saint-Jean de Jérusalem, tandis que ceux des Templiers sont sous les ordres de leur maréchal Geoffroy de Vandac. La ville tombe le et quarante moines hospitaliers meurent dans la bataille, mais Matthieu de Clermont est l'un des rares à avoir réussi à s'échapper par la mer[1].
À partir du , lors du siège de Saint-Jean-d'Acre, dernière place-forte des croisés en terre sainte, il combat contre les mamelouks menés par le sultan Al-Ashraf. Lorsque ceux-ci pénètrent la première fois dans la ville le , il stoppe les défenseurs en fuite vers le port afin de les regrouper pour mener une contre-attaque qui repousse les envahisseurs hors de la ville depuis la porte Saint-Antoine. Lorsque la ville est de nouveau prise d'assaut le , il se bat à nouveau en première ligne et est tué dans le quartier génois[1],[2].
« Entre lesquels nostre amés amis frère Mahius de Clermont, nos marescaus, demora mors. Il estoit nobles et preus et sages as armes. Diex li soit deboinaires »
— Jean de Villiers, Relation anonyme de la prise d'Acre[3]
(en) Jochen Burgtorf, The Central Convent of Hospitallers and Templars : History, Organization, and Personnel (1099/1120-1310), Leiden/Boston, Brill, , 761 p. (ISBN978-90-04-16660-8, présentation en ligne, lire en ligne)