Matt Shakman est né et a grandi à Ventura, en Californie[1]. Son père juif et sa mère catholique entretenaient un "foyer relativement laïc", leur mariage interconfessionnel étant une source de conflit avec la grand-mère paternelle juive de Shakman[2]. Après une courte carrière d'acteur au cours de son enfance, où il a commencé par des publicités avant de décrocher un rôle régulier dans Un toit pour dix, il a commencé à fréquenter l'école Thacher à Ojai[3].
Matt Shakman a ensuite fréquenté l'Université de Yale où il a obtenu un major en histoire de l'art et en théâtre. C'est d'ailleurs à Yale qu'il s'est intéressé au théâtre et où il a commencé à réaliser plusieurs productions scéniques[4].
Après l'université, Matt Shakman a vécu à New York pendant plusieurs années avant de déménager définitivement à Los Angeles. Il a épousé Maggie Malone en 2012, et en 2016, ils ont eu une fille nommée Maisie[5].
Matt Shakman est le fondateur et directeur artistique du Black Dahlia Theatre (BDT) à Los Angeles[6], qui a été nommé comme l'une des "douzaine de jeunes compagnies américaines à connaître" par American Theatre Magazine.
Shakman a réalisé les épisodes « Les Butins de guerre » et « Fort-Levant » pour la septième saison de la série Game of Thrones en 2017. En août de la même année, il est nommé nouveau directeur artistique du Geffen Playhouse à Los Angeles[7].
En 2017, TriStar Pictures a annoncé que Shakman réaliserait sa prochaine adaptation cinématographique de The Phantom Tollbooth[8].
En 2021, Matt Shakman a réalisé et produit la mini-série Marvel StudiosWandaVision pour Disney+[9]. Plus tard dans l'année, il a été révélé qu'il réaliserait un film pour la franchise Star Trek[10]. Fin août 2022, il était en pourparlers pour réaliser le film Les Quatre Fantastiques de Marvel Studios, dont la sortie est prévue en 2025, en remplacement de Jon Watts qui a quitté le projet pour faire une pause avec les films de super-héros[11]. Le 26 août 2022, il quitte le projet de film Star Trek, se justifiant par des "problèmes de planning"[12]. Le 10 septembre 2022, il est annoncé, lors de la D23 Expo, qu’il réalisera officiellement le prochain film sur les Quatre Fantastiques.