Fils d'une famille de commerçants, il combat en 1814 la prise de pouvoir des patriciens, ce qui lui coûte une expulsion de 3 ans. En 1830, il fait son entrée au parlementsoleurois comme représentant de l'opposition libérale.
Conseiller d'État soleurois
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Conseiller fédéral
Munzinger est le quatrième conseiller fédéral élu après Jonas Furrer, Ulrich Ochsenbein et Daniel-Henri Druey. Mobilisé par la Diète fédérale pour apaiser les troubles à la frontière sud du pays, il s'y trouve le , jour de l'élection du nouveau gouvernement[1]. Le premier Conseil fédéral a été élu le [2]. On lui confie alors la responsabilité du Département des finances et sa première mission consiste à remplir les caisses vidées par la guerre du Sonderbund[1]. Dans la foulée, il entreprend de créer une monnaie fédérale unique. Conseillé par le banquierbâlois Johann Jakob Speiser, Munzinger présente au parlement, en avril 1850, la solution suivante : « Cinq grammes d'argent, au titre de neuf dixièmes d'argent fin, constituent l'unité monétaire suisse et portent le nom de franc[1]. » Le franc suisse voit donc le jour en 1852.
Il reprend l'année suivante les rênes du Département politique (affaires étrangères) puis, en 1853, celui des postes et des travaux publics. Son état de santé se détériore mais il est tout de même réélu le alors qu'il se déplace en fauteuil roulant[1]. Ses collègues lui attribuent le Département du commerce et des péages mais, deux mois plus tard, alors que le Conseil fédéral est en réunion, il s'effondre. Le , il succombe à une maladie neurologique[1].
