Le pavillon particulier apparaît pour la première fois avec le décret du qui précise : « Le bâtiment monté par le président de la République arbore au grand mât le pavillon carré aux couleurs nationales, au centre duquel ses lettres initiales sont brodées en or. Toute autre marque distinctive est alors rentrée. L’embarcation montée par le Président de la République porte le même pavillon à l’avant et le pavillon national à la poupe[1] ».
La plupart des marques des présidents de la République sont ainsi des drapeaux français ornés des initiales du président.
Depuis Jacques Chirac, les présidents de la République utilisent un drapeau tricolore sans autre signe distinctif[1] que la cravate blanche, destinée à marquer la fonction présidentielle de chef des armées.