Markus Günthardt est le frère ainé de Heinz Günthardt, avec qui il a gagné ses trois tournois en double.
En 1980, il a remporté le tournoi Challenger de Shimizu en simple et celui de Porto Alegre et de Curitiba en double. Faute de résultats en simple (17 matchs ATP), il se spécialise sur le double dès 1981.
Il a représenté l'équipe de Suisse de Coupe Davis de 1980 à 1986. Il a joué 14 matchs de double dont 12 avec son frère (9 victoires) et un simple sans enjeu.