Après des études secondaires à la Santa Fe High School de Santa Fe Springs (Californie), Mark Kotsay suit des études supérieures à Cal State Fullerton où il s'illustre sous les couleurs des Cal State Fullerton Titans. Il remporte les College World Series avec les Titans en 1995 et est désigné meilleur joueur du tournoi.
Il passe une saison en Ligues mineures avant d'effectuer ses débuts en Ligue majeure le 11 juillet1997. Laissé de côté en séries éliminatoires de 1997 où les Marlins remportent leur première Série mondiale, Kotsay est un régulier de l'équipe pour les trois saisons suivantes, se distinguant en offensive avec des moyennes au bâton s'élevant entre ,270 et ,300 et au moins 50 points produits chaque année entre 1998 et 2000.
Il participe pour la première fois aux séries éliminatoires en 2006 avec les Athletics. Le parcours d'Oakland s'achève contre les Tigers de Détroit en Série de championnat.
Il est transféré chez les Red Sox de Boston le 27 août 2008 lors d'un échange contre Luis Sumoza.
Kotsay prend part à ses deuxièmes séries éliminatoires en 2008. Le parcours de Boston s'achève contre les Rays de Tampa Bay en Série de championnat. Durant la saison, Kotsay joue au premier but en plus de sa position habituelle au champ extérieur.
White Sox de Chicago
Il est échangé aux White Sox de Chicago le 28 juillet2009 contre Brian N. Anderson[4]. Il prolonge son contrat chez les White Sox le en s'engageant pour la saison 2010 contre 1,5 million de dollars[5]. Il voit peu d'action en défensive durant son séjour à Chicago, les White Sox ayant souvent recours à ses services comme frappeur désigné.