En 1268, à la mort de Conradin, elle fait partie des rares petits enfants d'Isabelle de Jérusalem encore vivante. Il y a bien quelques filles d'Erard de Brienne et de Philippe de Champagne Jérusalem, mais elles vivent en Champagne et ne souhaitent pas revendiquer le trône. Le roi Hugues III de Chypre fait acte de prétention au trône, mais il n'est qu'arrière-petit-fils d'Isabelle et Marie d'Antioche se considère comme la plus proche parente de Conradin, et revendique également le trône. Marie d’Antioche est également la demi-sœur du père d’Hugues III.
C’est la Haute Cour d’Acre qui examine les deux prétentions et qui tranche en faveur d’Hugues III, mais Marie d’Antioche ne renonce pas et continue à porter le titre de reine de Jérusalem. Elle fait appel au pape Grégoire X, qui examine sa requête au cours du concile de Lyon en 1274, et qui rend le même verdict que la Haute Cour d’Acre.
Au bout de sept ans, en , Hugues III, lassé des intrigues et des luttes entre les barons, de leur insubordination, de celle de la commune de Saint-Jean-d’Acre et des deux ordres militaires (Saint-Jean de l’Hôpital et Temple), renonce à gouverner le royaume de Jérusalem et rentre à Chypre. En , Charles d’Anjou, roi de Sicile rachète à Marie d’Antioche ses droits au trône de Jérusalem, moyennant une rente annuelle de quatre mille livres tournois.
