Née le à Paris, elle est baptisée à l'église Saint-Louis-en-l'Isle le 14 du même mois[1]. Elle est la fille de François Couperin et la sœur de Marguerite-Louise Couperin[1]. Elle a pour parrain François II Couperin, son cousin[1]. Religieuse à l'abbaye de Maubuisson[2], elle devient organiste de son couvent[1].
François-Joseph Fétis, « Couperin (Marie-Anne) », dans Biographie universelle des musiciens et bibliographie générale de la musique, (lire en ligne), p. 209