Le , Wambui remporte la médaille de bronze des championnats du monde en salle de Portland sur 800 m en 2 min 00 s 41 , record personnel[2]. Le suivant, la Kényane s'impose au Meeting de Montreuil en 1 min 57 s 52, son record personnel, record du meeting ainsi que 3e meilleure performance mondiale de l'année 2016[3].
Hyperandrogénie
Comme Caster Semenya et Francine Niyonsaba qui étaient avec elle sur le podium du 800 m féminin à Rio de Janeiro, Margaret Wambui présente naturellement un taux très élevé de testostérone pour une femme, ce qui pourrait lui conférer un avantage physique dans ce type d'épreuves. La Fédération internationale d'athlétisme a, depuis lors, interdit la participation à certaines épreuves des femmes présentant un taux de testostérone supérieur à cinq nanomoles par litre de sang[4],[5].