Au début des années 1940, Margaret Ahern commence par être caricaturiste éditoriale au New World Newspaper, un journal municipal de Chicago[1]. Elle dessine aussi pour le Catholic New World, le journal de l'archidiocèse de Chicago, et pour la chaîne télévision WGN-TV dans les années 1950[2].
C'est pour The Waifs' Messenger qu'elle collabore le plus longtemps[1]. Elle y crée en 1948 la série Beano, présentant les aventures d'un orphelin astucieux ; la série y dure plus de cinquante ans, jusqu'à la mort de l'auteure en 1999[1]. Margaret Ahern dessine aussi Angelo de 1951 à 1954, une bande dessinée mensuelle, puis prend la suite de Tut Le Blanc pour dessiner les aventures de Speck the Altar Boy, de 1955 à 1979[1].
Sous le pseudonyme de Pegg O'Connell, elle publie également Reggie et Our Parish. Margaret Ahern travaille aussi pour le bimensuel National Review et pour New Woman[1].
