Elle revient en 1955 à Genève, lorsque la pratique de la psychanalyse en Argentine devient réservée aux médecins. Encouragée notamment par Raymond de Saussure, lui-même revenu des États-Unis en 1952 et désireux de favoriser la diffusion de la psychanalyse en Suisse, Marcelle Spira contribue à promouvoir les conceptualisations kleiniennes dans le cadre de la Société suisse de psychanalyse, invitant Melanie Klein pour une série de conférences et de supervisions en 1957, ainsi que des personnalités kleiniennes, Hanna Segal, Betty Joseph, Herbert Rosenfeld, Esther Bick, Donald Meltzer notamment[1]. Elle a marqué nombre de psychanalystes chevronnés, kleiniens ou non, ou en formation, tels Jean-Michel Quinodoz, Danielle Quinodoz, Jean Bégoin, et d'autres, par sa finesse clinique et son originalité interprétative[2].
En 1981, elle interrompt sa pratique à Genève et s'installe sur l'île de Giglio, en Toscane, tout en poursuivant son activité de superviseuse et son enseignement, elle y meurt en 2006.