Sous l'occupation indonésienne, Alkatiri vit en exil dans d'autres anciennes colonies portugaises, au Mozambique et en Angola et y travaille comme géomètre. Alkatiri est membre du Fretilin, l'ancienne guérilla devenue parti dominant.
Des émeutes éclatent au Timor oriental en à la suite de violents accrochages au sein de l'armée. Alkatiri est accusé d'avoir utilisé des unités de l'armée pour éliminer physiquement ses adversaires. Le , deux ministres de son gouvernement démissionnent, le président Xanana Gusmão menace lui aussi de quitter ses fonctions si son Premier ministre ne s'en va pas. Le Fretilin au pouvoir ne demande pas la démission d'Alkatiri mais ce dernier quitte toutefois ses fonctions le .
Deux mois après les élections législatives du , Alkatiri est nommé de nouveau Premier ministre et parvient à former un gouvernement de coalition minoritaire réunissant le Fretilin et le Parti démocrate. Mis en minorité, le gouvernement échoue à plusieurs reprises à faire voter le budget, ce qui amène le président Francisco Guterres à dissoudre le Parlement le et convoquer des élections législatives anticipées pour le suivant. L'Alliance pour le changement et le progrès remporte la majorité absolue et Taur Matan Ruak devient le nouveau Premier ministre le .
.svg)
